В этом видео мы рассмотрим нововведения, появившиеся в версиях 36, 37 и 38. За последние три версии наибольшее количество улучшений получил Редактор Множественных Выравниваний.

Мы продолжаем знакомить вас с улучшениями версий 33, 34 и 35. В этом видео мы рассмотрим основные изменения, коснувшиеся Редактор Множественных Выравниваний и Окно Последовательности.

Здесь мы кратко ознакомим вас сосновными функциями и улучшениями в UGENE версий 33, 34 и 35. В первой части мы рассмотрим улучшенный механизм импорта «Встроенных инструментов» и их интеграцию в Дизайнер вычислительных схем.

В данном видео представлена новая инфраструктура для метагеномного профилирования данных полногеномного секвенирования:

• Интегрированные инструменты: Kraken, CLARK, DIAMOND, WEVOTE, MetaPhlAn2.
• Примеры вычислительных схем с данными инструментами.
• Результаты анализа данных.

В видео представлены следующие возможности:

• Новый режим редактирования последовательности.
• Визуализация рамки считывания для выделенного участка нуклеотидной последовательности.
• Простой способ скорректировать выделенный участок последовательности или выравнивания.
• Поддержка формата Vector NTI/AlignX.

В видео представлен новый компонент UGENE для анализа данных секвенирования по Сэнгеру, включающий в себя следующие возможности:

• выравнивание прочтений на референсную последовательность,
• визуализация выровненных прочтений с секвенограммами,
• редактирование данных,
• экспорт результатов.

В видео представлены следующие возможности:

• Экспорт участка в Assembly Browser.
• Поддержка расширенного алфавита IUPAC при проведении ПЦР in silico.
• Улучшения в редакторе последовательностей: редактирование аннотаций, отображение аминокислотных рамок считывания.
• Новый пакет UGENE: онлайн-инсталлятор c возможностью автоматического обновления.

Основные изменения в новой версии программы:

• Пересчет регионов в квалификаторах после редактированияпоследовательности
• Редактор множественных выравниваний:
  • Выравнивание последовательностей на существующее выравнивание
  • Экспорт множественного выравнивания в векторный формат SVG
  • Копирование региона в выбранном формате (Ctrl+Shift+C)
• Новая выслительная схема: ПЦР in silico
• Новая выслительная схема: поиск пересечений аннотаций
• Повышение удобства: изменяемый размер панели опций

Основные изменения в новой версии программы:

1. Расширенный и удобный поиск в проекте

2. Повышение удобства:

а) Возможность регулировки размера окна редактора последовательностей

б) Упорядоченное отображение пунктов меню "Инструменты"

3. Конструктор вычислительных схем: автоматическая генерация имён выходных файлов

4. Выравнивание и фильтрация по качеству сангеровских ридов

5. Секвенирование нового поколения (NGS):

а) Фильтрация ридов по качеству с помощью FastQC

б) Аннотирование вариаций с помощью SnpEff

6. Редактор множественных выравниваний: подсветка оснований в зависимости от уровня консервативности

7. Поддержка последовательностей в формате Vector NTI

Основные изменения в новой версии программы:

• Быстрый поиск в последовательности без создания аннотаций
• ПЦР in silico
• Секвенирование нового поколения (NGS):
  • Spades de novo ассемблер
  • Экспорт покрытия данных ассемблирования
  • Примеры вычислительных схем для фмльтрации сырых NGS данных
• Круговой обзор и круговые последовательности:
  • Поддержка всех алгоритмов для круговых последовательностей: ORF, сайты рестрикции, BLAST и д.т.
  • Настройки визуализации кругового обзора
• Общее хранилище данных:
  • Поддержка общих баз данных в конструкторе вычислительных схем
• Повышение удобства:
  • Стартовая страница
  • Запоминание настроек панели опций

Это видео о методах построения филогенетичесикз деревьев при помощи UGENE.

Этот эпизод покажет вам как пользоваться обзорным графиком в редакторе выравниваний.

По умолчанию обзорный график повторяет график консенсуса, но показывает весь график целиком. Используя обзорный график вы можете видеть регионы выравнивания, где последовательности имеют различия, а также легко передвигаться по выравниванию.

Основные изменения в новой версии программы:

• Контекстная справка и документация:
  • С текущей версии программы в каждом диалоге UGENE будет доступна кнопка Help, позволяющая перейти в соответствующий раздел документации UGENE (необходим доступ к Интернету).
  • Для хранения документации используется система Atlassian Confluence, что, по сравнению с предыдущей системой, позволяет эффективнее искать в документации необходимую информацию.
• Общее хранилище данных: позволяет хранить и совместно использовать данные в лаборатории. Более подробно смотреть тут.
• Редактор множественных выравниваний:
  • Доступен обзор («overview») для множественного выравнивания. Имеется множество опций его конфигурации.
  • Добавлена возможность экспорта консенсуса.
• Филогения:
  • Интегрирован PhyML Maximum Likelihood.
  • Добавлена возможность выбирать другой корень дерева.
• Круговые молекулы: появилась возможность помечать последовательность как круговую. Эта метка учитывается при поиске паттерна в последовательности – результаты, проходящие через ноль, также находятся.
• Авто-аннотирование плазмид: добавлен режим автоматического аннотирования плазмид (нахождение промоторов, праймеров и т.п.)
• Экспорт изображений: был улучшен экспорт изображений, в частности, множественных выравниваний и круговых молекул.
• Секвенирование нового поколения (NGS):
  • Интегрирован инструмент BWA-MEM для выравнивания коротких последовательностей. BWA-MEM доступен как в диалоге, так и в качестве элемента в дизайнере вычислительных схем.
  • Добавлены вычислительные элементы для сортировки, слияния, фильтрации и обрезания данных секвенирования (для данных, хранящихся в форматах BAM и FASTQ).
• Публичное хранилище данных UGENE: к хранилищу можно обращаться из UGENE. В настоящий момент оно содержит часто используемые геномы (человека, мыши и др.) и набор плазмид.
• Была добавлена заставка при загрузке программы.

Это видео о возможности UGENE, которая позволяет совместное использование биоинформационных данных.

Совместное использованиме данных может быть полезным в лаборатории для обмена и синхронизации различных биоинформационных объектов (последовательностей, аннотаций, множественных выравниваний, филогенетических деревьев, данных секвенировани и т. д.)

Когда данные секвенирования находятся в общем доступе, только необходимая в данный момент их часть загружается на компьютер. Это сохраняет время исследователя и пространство на компьютере.

Это видео также о публичном хранилище данных, которое содержится в UGENE. Это хранилище открыто только для чтения и включает основные часто используемые данные.

Смотрите также: Shared Databases in UGENE

Это видео содержит обзор о потоковом анализе данных секвенирования: "Variant Calling with SAMtools", "RNA-seq Analysis with Tuxedo", and "ChIP-seq Analysis with Cistrome".

Это инструменты, которые позволяют пользователю настроить потоковый анализ и исследовать результаты удобным образом.

Чтобы использовать описанные возможности вам нужно скачать NGS пакет, который включает все инструменты.

Для разных операционных систем это:

— Windows: SAMtools, Cistrome

— Mac OS X: SAMtools, Tuxedo, Cistrome

— Linux: SAMtools, Tuxedo, Cistrome

В версии UGENE 1.13 появилось множество новых функциональностей, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

• DAS: данная функциональность может быть использована для аннотирования неизвестной протеиновой последовательности. Анализ происходит в два этапа. На первым этапе для исследуемой последовательности находятся гомологи (для этого используется Uniprot BLAST). На втором этапе аннотации выбранных гомологов загружаются на оригинальную исследуемую последовательность с помощью баз данных распределенной системы аннотирования (Distributed Annotation System или DAS).
• Интерфейс для поиска в NCBI Genbank: поиск ДНК и протеиновых последовательностей в NCBI GenBank, не выходя из UGENE.
• Bowtie2: добавлен интерфейс для сборки коротких последовательностей (ридов) с помощью инструмента "Bowtie2".
• Таблица кодонов: чтобы посмотреть подсказку по кодонам, нaходясь в редакторе последовательностей, используйте горячие клавиши "Ctrl+T".
• Множественные выравнивания: добавлен новый формат PHYLIP.
• Сборки ридов: формат ACE открывается теперь в обозревателе сборок (Assembly Browser).
• Анализ NGS данных: была оптимизирована работа вычислительной схемы для поиска вариаций с помощью SAMtools ("Call variant with SAMtools").
• Дизайнер вычислительных схем (Workflow Designer): было добавлено множество нового фунционала и мелких улучшений.
  • Использование общего репозитория для хранения выходных данных
  • Сохранение истории запусков схем (результаты запусков отображаются в «dashboard»)
  • Настройка истории запусков
  • Повторный запуск схемы из «dashboard»
  • Остановка выполнения схемы по некоторому условию, возможность просмотра промежуточных данных выполнения схемы.

В версии UGENE 1.12 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

• Добавлена новая сущность 'Datasets' в Дизайнере вычислительных схем вместо параметров URL, которая облегчает работу с входными файлами и папками
• В редактор множественного выравнивания добавлены алгоритмы парного выравнивания и подсвечивания последовательностей
• Assembly Browser позволяет экспортировать вариации с консенсусом в форматах VCF4 и Simple SNP
• Интеграция с BioMart: дополнения для веб-браузеров (Mozilla Firefox и Google Chrome)

В версии UGENE 1.11 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

• В редактор последовательностей была добавлена панель опций.
• В обозреватель сборок была добавлена возможность работы с консенсусной последовательностью.
• В дизайнер вычислительных схем добавлены новые элементы "Мультиплексор" и "Группировка".
• Была встроена, как внешний инструмент, программа Spidey для выравнивания mRNA на геном.
• Доступна 64-битная версия UGENE для Windows.

Новый релиз включает множество усовершенствований: новые модули, расширения функциональности, различные улучшения и исправления.

Краткий список наиболее важных новвоведений и улучшений:

• Новые возможности инструмента для работы с данными секвенирования Assembly Browser:

  • Добавлен новый виджет Coverage Graph для работы с данными секвенирования в Assembly Browser, отображающий точное покрытие последовательности в каждой позиции.
  • Созданы дополнительные способы цветового кодирования коротких последовательностей: визуализация прямой/обратной цепей, парных ридов, и другие.
• Появилась возможность работы с последовательностями произвольного размера (> 2 Гб) на настольных компьютерах с ограниченным объемом памяти.
• Созданы элементы для маркировки и фильтрации последовательностей для дизайнера вычислительных схем.
• В визуализатор последовательностей добавлены графики DNA Flexibility и GC Frame Plot
• Встроены новые внешние инструменты:
  • MrBayes – построение филогенетических деревьев.
  • Burrows-Wheeler Aligner (BWA) – выравнивание коротких последовательностей (ридов) на референсную последовательность. В отличие от оригинального BWA, работает и для Windows.
• Также, начиная с этого релиза, UGENE будет распространяться в двух версиях – полной (Full) и стандартной (Standard). Полный пакет UGENE дополнительно содержит набор внешних инструментов и документацию в формате PDF.

Данное видео представляет собой введение в новый компонент UGENE Assembly Browser, позволяющий быстро просматривать NGS данные. Текущая версия поддерживает BAM и SAM форматы данных.