Изменения в версии v1.10:

Полный список изменений.

Изменения в версии v1.9.8:

Полный список изменений.

Изменения в версии 1.9.7:

Полный список изменений.

Изменения в версии 1.9.6:

Полный список изменений.

Изменения в версии 1.9.5:

Полный список изменений.

Изменения в версии 1.9.4:

Новые возможности, улучшения, исправления

• Конструктор элементов для использования внешних инструментов в Дизайнере вычислительных схем
• Сборка длинных ридов ДНК с помощью CAP3
• Улучшенное определение форматов данных
• Просмотрищк BAM файлов: улучшенный расчет покрытия, интеграция со встроеными программами выравнивания
• Экспорт данных NGS: конвертация BAM в SAM
• Новый модуль: расчет флексибильности последовательностей ДНК
• Полный список доступен в баг трэкере.

Изменения в версии 1.9.3:

Новые возможности, улучшения, исправления

• Новый модуль: редактор NGS данных Assembly Browser
• Отображение последовательностей: добавлена возможность по управлению количеством отображаемых аннотаций
• Круговой вид ДНК: добавлен удобный элемент управления - карта рестрикционных сайтов
• Модуль Phylip: добалена поддержка bootstrap для филогенетических деревьев
• Визуализатор 3D моделей: добавлена поддержка структурного выравнивания
• Добавлена автоматическая подсветка открытых рамок считывания
• Полный список доступен в баг трэкере.

Изменения в версии 1.9.2:

• Улучшена производительность UGENE Genome Aligner
• Добавлены новые элементы: запись и слияние аннотаций
• Конструктор Вычислительных Схем: запуск вычислительных схем прозводится в отдельных процессах
• Конструктор Вычислительных Схем: в поиска Смита-Ватермана добавлена поддержка файлов в формате FASTA в качестве поискового запроса
• Конструктор Вычислительных Схем: добален элемент HMM
• Конструктор Запросов: добавлена подержка конфигурации цепи ДНК (прямая или комплементарная) в запросах
• Конструктор Запросов: добавлены вомзожности по автоматичской подвсветке ферментов рестрикции.
• Исправлена ошибка с удаленными запросами к NCBI CDD
• Исправлена ошибка с экспортом проекта
• и другие исправления... Полный список доступен в баг трэкере.

Изменения в версии 1.9.1:

• Круговой вид: добавлено масштабирование
• Исправлен экспорт комплементарных аннотаций
• Редактор множественного выравнивания: исправления интерфейса
• Конструктор Вычислительных Схем: исправлены подсказки элементов
• Конструктор Вычислительных Схем: улучшения графического интерефейса
• Конструктор Вычислительных Схем: добавлен элемент для загрузки данных из удаленных БД
• Конструктор Запросов: добавлена поддержка направления стрэнда
• Поддрежан новый формат: pDRAW
• Добавлена возомжность экспотритровать группу аннотаци или всю таблицу в CSV
• Клонирование in silico: добавлена возможность редактирования фрагментов
• Клонирование in silico: аннотирование фрагментов в новой молекуле
• Клонирование in silico: исправлены ошибки конструирования новой молекулы
• и другие исправления...

Изменения в версии 1.9.0:

Новые возможности, улучшения, исправление ошибок

• Клонирование in silico: разбивка на фрагменты и сшивка
• Новый инструмент: Конструктор запросов
• Поддержка внешних программ: BLAST+
• Поддержка внешних программ: TCoffee
• Добавлена поддержка OpenCL для Linux и Windows
• Улучшена система журналирования
• Добавлена система всплывающих напоминаний
• Несколько исправлений в экспорте аннотаций
• Исправлено поведение редактора последовательностей
• Улучшено распознавание кольцевых последовательностей
• Добавлен инструмент "Замена последовательности"
• Редактор множественного выравнивания: экспорт нуклеотидных выравниваний в аминокислотные
• Редактор множественного выравнивания: обратно-комплементированные последовательности
• Genome Aligner: сохранение индекса во внешнем файле
• Конструктор вычислительных схем: новый текстовый формат схем
• DotPlot: добавлен режимы увеличения
• DotPlot: улучшено выделение
• Улучшена обработка исключительных ситуаций
• Подсветка активного документа во вкладке проект
• Исправлен экспорт 3'-5' аннотаций
• Исправлен отчёт о поиске аннотаций BLAST
• Исправлены проблемы в модуле поддержки внешних программ
• и многое другое...

Изменения в версии 1.8.0:
Новые возможности и улучшения:

• Поддержка внешних программ: Blast;
• Поддержан новый формат: MEGA;
• Новая улучшенная система плагинов;
• Поддержка больших файлов( более 1 Гб) в сборке контигов.
• Улучшения инструментов командой строки: подробная система справки и диагностика ошибок;
• Исправлены падения во время построения молекулярных поверхностей для больших макромолекул;
• Множественные улучшения Конструктора вычислительных схем;
• Улучшена обработка исключительных ситуаций.

Изменения в версии 1.7.2:
Новые возможности и улучшения:

• Запуск вычислительных задач на серверах Amazon EC2.
• Поддержка сторонних приложений: теперь в UGENE можно использовать инструменты множественного выравнивания Clustal and Mafft.
• Поддержка скриптинга для тонкой настройки сценариев Workflow Designer.
• Добавлена поддержка нового формата: Nexus
• Документация UGENE переработана и улучшена.
• Редактор множественного выравнивания: удаление столбцов с относительным числом пропусков;
• DotPlot: поиск обратных повтор, изменение масштаба, синхронизация с последовательностью;
• Переименование последовательностей, экспорт последовательностей с аннотациями;

Изменения в версии 1.7.1:
Новые модули и возможности:

• Визуальный анализ гомологов - модуль DotPlot .
• Поддержка формата SAM, а также импорт значений качества PHRED для последовательностей ДНК;
• Продвинутый анализ хроматограм: обратные и компмлементарные хроматограмы, синхронное отображение;
• Новые опции инструментов для сборки контигов: BowTie и UGENE Genome Aligner;
• Пакетный режим работы для анализа последовательностей, основанного на весовых матрицах;
• Новые сценарии для дизайнера вычислительных схем, еще больше возможностей для использования UGENE как утилиты командой строки.

Изменения в версии 1.7.0:
Новые модули и возможности:

• Переименование: congene -> ugene, ugene -> ugeneui
• Новый модуль: выравнивание геномов;
• Новый модуль: bowtie;
• Добавлен функционал сборки контигов;
• Добавлена поддержка частотных и весовых матриц;
• Редактор множественного выравнивания: добавлен новый режим увеличения;
• Улучшен модуль Circular view.
• К просмотровщику последовательностей добавлен просмотр панорамы;
• Интеграция с JASPAR и UniPROBE.
• Добавлено лого выравнивания.
• Улучшен консольный интерфейс.
• Конструктор схем: добавлена поддержка консольного режима.
• Переработан модуль удалённых запросов.
• В импорте CSV добавлен скриптинговый фреймворк.
• Переработан просмотровщик деревьев, добавлены новые режимы.

Изменения в версии 1.6.2:
Новые модули и возможности:

• Новый модуль: Circular view;
• Модуль экспорта: добавлена функция обратной трансляции;
• Реализован функционал импорта аннотаций из CSV;
• MSA Editor: добавлен режим консенсуса, улучшен интерфейс;
• Улучшение просмотрщика филогенетических деревьев;
• Конструктор схем: добавлена возможность удалённого запуска заданий;
• Рестрикционные энзимы: теперь возможно создание пользовательских баз в формате BAIROCH;
• Доступен для скачивания бинарный дистрибутив для Linux;
• И многое другое...

Изменения в версии 1.6.1:
Новые модули и возможности:

• KAlign: новый модуль для расчета множественного выравнивания, основанный на известном алгоритме; отличается высокой производительностью ( работает даже быстрее чем MUSCLE!) и аккуратностью;
• Поддержка нового формата: GFF;
• Улучшение просмотрщика филогенетических деревьев: поддержка формата Newick;
• Модуль Phylip: поддержка опций при расчете матрицы дистанций;
• Поддержка прокси с аутентификацией.

• Алгоритм Смита-Ватермана работает корректно при вызове из графической оболочки;
• В модуле MUSCLE улучшено управление памятью;
• Исправлена ошибка с некорректным удалением документов из Project View;
• Улучшено распознавание форматов;
• и многое другое...

Изменения в версии 1.6.0:
Новые модули:

• Модуль Phylip для построения филогенетических деревьев. Основан на оригинальном пакете Phylip 3.6.

  • Использует алгоритм Neighbor Joining для построения деревьев;
  • Включены возможности по визуализации деревьев;
  • Интеграция с редактором множественных выравниваний.

• Поддержка распределенных вычислений в UGENE

  • Удаленное выполнение задач на сторонних комьютерах;
  • Запуск HMMER3, Smith-Waterman, MUSCLE на удаленных машинах.

• Поиск тандемных повторов;
• Поддержка переносимости файла проекта;
• Экспорт проекта;
• Интеграция с удаленными базами данных: NCBI, PDB, Swiss Prot;
• Визуализация биополимеров: режим стерео просмотра;
• и многое, многое другое...

Изменения в версии 1.5.2:
Новые модули:

• MUSCLE 4 - интеграция новейшего инструмента для множественного выравнивания, автор которого — Robert C. Edgar;
• Адаптер CUDA - технический модуль, позволяющий использовать для вычислений видеокарты с поддержкой CUDA (только для Windows).

• Пользователи Windows могут опробовать оптимизированный для CUDA алгоритм Смита-Ватермана;
• Добавлена одна из наиболее ожидаемых возможностей — редактирование последовательностей;
• Закончена интеграция пакета Primer 3 — теперь доступен полный набор настроек и параметров;
• Добавлена возможность экспорта аннотаций в CSV;
• Добавлены новые блоки в конструктор схем: "Запрос к удаленным БД" и "Извлечение аннотированных регионов";
• Введена возможность сбора статистической информации об использовании UGENE (подробнее расскажет диалог, возникающий при первом запуске);
• HMM3 теперь поддерживает модели построенные с помощью HMM2;
• В модуль поиска энзимов рестрикции добавлен фильтр по числу результатов поиска;
• "Фантомные" документы теперь уничтожаются при закрытии проекта;
• В диалоге предсказания вторичной структуры исправлено неверное поведение селекторов региона;
• Исправлено некорректное поведение в параллельном режиме алгоритмов предсказания вторичной структуры, Primer3, парсера PDB-файлов;
• Серьезная ошибка затрагивающая пользователей Fedora Linux исправлена в алгоритме PSIPRED.

Изменения в версии 1.5.1:
Новые модули:

• BALL - добавляет новые типы молекулярных поверхностей в модуль просмотра трехмерных моделей UGENE;

• Добавлена возможность сохранения изображений множественного выравнивания и аннотированной последовательности (удобно для публикаций и печати);
• Исправлена критическая ошибка в congene;
• Исправлена критическая ошибка при попытке запуска HMM3 с моделями HMM2;
• Исправлена критическая ошибка при запуске нескольких задач Primer3 параллельно;
• Запрос к удаленным БД теперь стабилен на ОС Linux;
• Восстановлен пропавший алгоритм Смита-Ватермана;
• Задачи Primer3 теперь можно отменять;
• В модуль просмотра 3D-моделей добавлен выбор цвета выделения;
• Небольшое исправление внесено в отображение аннотированной последовательности;

Изменения в версии 1.5:
Новые модули:

• HMM3 - новейший набор инструментов для работы с HMM-профайлами основанный на HMMER3;
• Primer3 - интегрированный инструмент Primer3 для подбора ПЦР-праймеров;
• GOR IV и PSIPRED - модули предсказания вторичной структуры белков;
• congene - консольная версия UGENE, позволяющая запускать вычислительные схемы из командной строки;

• Добавлен расчет молекулярных поверхностей;
• Добавлена загрузка документов из баз данных PDB, Uniprot, Swissprot;
• Добавлена возможность создания нового документа;
• Улучшено редактирование аннотаций;
• Исправлены критические ошибки наведенные из Qt 4.5.0;
• В распараллеленный алгоритм MUSCLE внесены исправления, предотвращающие мертвую блокировку.

Изменения в версии 1.4.2:

Улучшения и исправления ошибок:
• Теперь редактор множественного выравнивания поддерживает операции "Отменить" и "Повторить";
• Исправлено поведение поиска по множественному выравниванию в случае разного регистра текста;
• Добавлены новые фильтры в поиск SITECON;
• Добавлена поддержка файлов CLUSTAL X;
• Алгоритм Смита-Ватермана теперь работает еще более точно;
• Исправлены ошибки параллельного вычисления в MUSCLE;
• Исправлены некоторые ошибки совместимости с Qt 4.5.0;
• А также множество других улучшений и исправлений.

Изменения в версии 1.4.1:

Улучшения и исправления ошибок:
• Добавлена поддержка различных цветовых схем в редактор выравнивания;
• Добавлена блокировка камеры для нескольких трехмерных моделей;
• Просмотр последовательности оптимизирован для работы с гигантским количеством аннотаций (вплоть до 1 миллиона);
• Теперь аннотации могут быть подписаны как именем, так и значениями квалификаторов.
• Включен по умолчанию показ графиков качества хроматограммы для файлов ABIF;
• Исправлен ряд ошибок стабильности и совместимости в модулях BLAST, MUSCLE и HMMER;
• А также множество прочих улучшений и исправлений.

Изменения в версии 1.4.0:

Новая функциональность:
• Новый модуль: "Smith-Waterman". Наиболее полная реализация алгоритма Смита-Ватермана выравнивания последовательностей;
• Новый модуль: "Restriction Enzymes". Маркирует ферменты рестрикции в последовательности. Поддерживает формат файлов базы данных REBASE;
• Новый модуль: "Repeat Finder". Ищет прямые и обратные повторы. Оптимизирован для быстрой работы с большими строками;
• Новый модуль: "DNA Stat". Удобные для экспорта и публикаций статистические отчеты;
• Конструктор схем: добавлена визуализация процесса исполнения схемы;
• Конструктор схем: добавлены примеры реальных схем;
• Конструктор схем: теперь можно изменять размер блоков, привязывать блоки к сетке, настраивать цвета и шрифты;
• Редактор выравнивания: добавлен показ смещений для каждой последовательности в выравнивании;
• Редактор выравнивания: добавлен поиск по выравниванию;
• Просмотр последовательности: добавлена блокировка масштаба и синхронизация между многими последовательностями;
• Просмотр последовательности: добавлена поддержка произвольного числа шкал обзора;
• Просмотр 3D: добавлен экспорт изображений в векторный формат (SVG);
• Просмотр 3D: добавлен поиск текущего файла по Web-ресурсам;
• Управление проектом: добавлены новые режимы отображения — группировка по типам объектов, выключение группировки;
• Управление проектом: для незагруженных документов показываются содержащиеся в них объекты;
• Производительность: теперь UGENE позволяет выбирать число используемых процессорных ядер, памяти и одновременных потоков;
• Модуль DNA Export: добавлен экспорт выравниваний в формат FASTA;
• Поддержаны новые форматы файлов: FASTQ, MMDB;
• Добавлена возможность индексирования больших файлов (> 10 Гб) для быстрого доступа к их содержимому;
• Добавлена поддержка произвольных схем оформления пользовательского интерфейса.

Улучшения и исправления ошибок:
• Модуль MUSCLE: одна из фаз алгоритма оптимизирована для работы на многоядерных процессорах;
• Модуль HMMER: внедрена оптимизация алгоритма использующая SSE2 инструкции;
• Модуль HMMER: hmmsearch оптимизирован для многоядерных процессоров (ускорение до 30 раз на четырехядерном процессоре с использованием SSE2);
• Модуль SITECON: >50 новых прокариотических профилей для поиска транскрипционных факторов сайтов связывания;
• Большинство диалогов и окон стали значительно удобнее и быстрее;
• Конструктор схем: теперь дополнительная информация о входных данных (ID в базе данных и т. д.) сохраняется на всех этапах вычислений.
• Конструктор схем: добавлено более интеллектуальное обращение с выходными данными — возможность перезаписывать либо добавлять информацию в конец файла.
• Управление проектом: добавлена возможность копирования и удаления документов;
• Создание аннотаций: теперь новые аннотации могут быть добавлены в новую таблицу аннотаций, которая будет автоматически загружена.
• Редактор выравнивания: добавлено изменение масштаба;
• Просмотр 3D: добавлено отображение нескольких моделей;

Изменения в версии 1.3.3:

Улучшения и исправления ошибок:
• Исправлена наведенная из Qt 4.4 ошибка отображения трехмерных моделей на ОС Linux;
• Исправлена ошибка именования групп в случае вложенных групп;
• Форматы ABI и SCF теперь поддерживаются более полно;
• Отныне в именах аннотаций допускается использование символа 'z';
• Улучшена производительность отображения дерева аннотаций;
• Исправлен выбор региона для алгоритма SITECON;
• Исправлена критическая ошибка в конструкторе схем при запуске нескольких итераций;
• Теперь для коротких строк не содержащих символов 'U' и 'T' по умолчанию выбирается алфавит DNA вместо RNA;
• Теперь для форматов Genbank и FASTA допускаются символы табуляции;
• Бинарный пакет UGENE для дистрибутива Ubuntu разбит на две части в силу требований к пакетам попадающим в официальный репозиторий.

Изменения в версии 1.3.2:

Улучшения и исправления ошибок:
• Исправлена ошибка не позволявшая открывать несколько окон на 64-битных системах;
• Исправлено аварийное завершение программы при открытии нескольких трехмерных моделей в одном окне;
• Исправлено аварийное завершение при открытии файла ABI с коротким именем сэмпла;
• Добавлен пункт меню "Проверить обновления";
• Исправлено аварийное завершение при выборе комплементарного стренда для протеиновых последовательностей в диалоге "Поиск подстрок";
• Исправлено ассоциирование объекта хроматограммы для форматов ABI и SCF;
• Исправлено автоопределение таблицы трансляции для формата PDB;
• Улучшен внешний вид надписей на ОС Linux и Mac OS;
• Улучшено поведение операции "Добавить объект в окно".

Изменения в версии 1.3:

Новая функциональность:
• Поддержка ОС Linux. Выпущены пакеты для Ubuntu и Fedora;
• Новый модуль: Workflow Designer. Позволяет конструировать новые вычислительные процессы;
• Новый модуль: SITECON. Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов;
• Новый модуль: BioStruct3D. Визуализация трехмерных моделей из файлов PDB;
• Поддержаны новые форматы: PDB и Stockholm;
• Добавлена поддержка множества сиквенсов в окне просмотра последовательности;
• Добавлена сортировка по значениям квалификаторов;
• Значения квалификаторов 'db_xref' сделаны ссылками на соответствующие базы данных;
• Теперь можно прятать транслированные и комплементарные строки;
• Поддержаны локализации — теперь в поставку UGENE входят русский и английский языки;
• Сделана поддержка отчетов о выполнении вычислительных задач;

Улучшения и исправления ошибок:
• Теперь в строке статуса показывается процент выполнения текущих задач;
• Исправлен ряд критических ошибок в модуле MUSCLE;
• Параметры по умолчанию модуля HMMER приведены в соответствие с параметрами оригинального HMMER;
• Отключены избыточные сообщения лога;
• Поддержан Drag&drop для всех типов файлов распознаваемых UGENE;
• >100 небольших исправлений и улучшений производительности и интерфейса.

Изменения в версии 1.2:

Новая функциональность:
• Поддержка Mac OS 10.5 и 10.4;
• Создан редактор множественного выравнивания;
• Новый модуль: ORF Marker. Маркирует открытые рамки считывания;
• Новый модуль: ChromaView. Модуль добавляет возможность просмотра хроматограмм;
• Новый модуль: Remote request: Аннотирует выбранные регионы с помощью запросов к удаленным базам данных BLASTn, BLASTp и CDD. Может быть расширен для использования с другими сервисами с помощью скриптов;
• Новый модуль: UMUSCLE. Добавляет в систему алгоритм выравнивания MUSCLE.
• Внедрена прозрачная поддержка файлов на удаленных HTTP ресурсах;
• Внедрена поддержка произвольных скриптов для выполнения запросов подобных BLAST/CDD. Биндинги для всех GUI/Utility классов из Qt;
• Модуль DNAGraphPack поддерживает 4 новых типа графиков: GC & AT отклонения, Karlin Signature Difference и информационная энтропия;
• Теперь пользователю доступны для выбора любые таблицы трансляций;
• Добавлена поддержка формата SCF;
• Добавлена поддержка незагруженных документов, без удаления их из проекта.

Улучшения и исправления ошибок:
• При установке на Windows, UGENE ассоциирует с собой все поддерживаемые типы файлов;
• Улучшена интеграция модуля uHMMER с окном просмотра последовательности и редактором выравнивания;
• Модуль DNAGraphPack plugin now shows interval based graphs for large zooms to keep min/max information precise.
• Добавлена поддержка Drag&Drop между окном аннотаций и окном проекта;
• А также множество прочих улучшений и исправлений интерфейса, производительности и совместимости.

Изменения в версии 1.1:

Новая функциональность:
• Поддержка форматов EMBL, ABI, CLUSTALW;
• Добавлены новые опции загрузки документов.
  Эту возможность удобно использовать для слияния нескольких последовательностей из входного файла в одну;
• Новый модуль: uHMMER. Интегрированные инструменты hmmsearch, hmmbuild и hmmcalibrate из пакета HMMER2.3.2;
• Новый модуль: DNA Export. Позволяет экспортировать выделенные либо аннотированные регионы в FASTA;
• Добавлена поддержка документов сжатых с помощь GZIP;
• Новый модуль: DNA Annotator. Позволяет производить поиск по аннотациям.

Улучшения и исправления ошибок:
• Добавлена возможность множественного выделения аннотаций в дереве;
• Теперь можно менять цвета, видимость и положение аннотаций;
• Переработан алгоритм поиска подстрок — исправлен ряд ошибок;
• Множество улучшений интерфейса и производительности.